報道関係者 各位
株式会社メディアフュージョン
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バイオインフォマティックス専用XMLデータベースエンジンを
新しくリリースポストゲノムシーケンス時代を加速する
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XMLのトータルソリューションを提供する株式会社メディアフュージョン（本社
：大阪市北区 代表取締役社長：榊原淳）は、バイオインフォマティックスに革
新をもたらすバイオインフォマティックス専用のデータベースエンジン
「EsTerra Bio Informatics Ware」
http://www.mediafusion.co.jp/esterra/app/biw.htmlをリリースいたしました。
【背景】
2000年6月ヒトゲノムドラフト配列が公開され、2003年4月にはヒトゲノムの解読
が完了しました。この間、ヒトゲノム情報は増加を続け、今後も指数関数的に増
加することが予測されています。さらに、ヒトゲノム情報（核酸塩基配列）だけ
でなく、関連する情報として、「文献情報」「アミノ酸配列」「遺伝子情報」
「タンパク質立体構造」など様々な種類が存在、世界中の研究者がそれぞれ独自
の形式で、研究成果としてデータベースを公開しており、データ量は日々爆発的
に増加を続けています。
ゲノム研究では、これらのデータベースを組み合わせて利用する必要があり、そ
のためデータ交換やデータ連携を行うことが求められます。そこで、こうした要
望に応えるべくバイオ関連データ形式においてXMLへの期待が高まり、各国でXML
による標準化への動きが活発に行われております。すでに、現在公開されている
データベースシステムのいくつかでは、既にXML形式でのデータ配信が始まって
おります。
【EsTerra BIO Informatics Wareとは】
EsTerra BIO Informatics Wareとは、EsTerraの高度なXML処理機能にBIO
Informaticsに必要な機能を付加し、ポストゲノムシーケンス時代に最適なBIO
IT基盤を提供するものです。
■大容量対応の高度なXML処理
これまで、バイオインフォマティックス分野での大きな障害が、取り扱うデータ
量の多さでした。その数、数千万件、容量では、テラバイトオーダーといった、
膨大な量のデータを高速に処理することが求められています。
EsTerra BIO Informatics Wareでは、テラバイト級のXMLデータを管理できるネ
イティブXMLデータベース「EsTerr XML Storage Server」の機能を拡張、バイオ
データに最適化することで、バイオインフォマティックスに求められるデータベー
ス管理機能の提供を実現しました。
さらに、1日あたり100～300MB程度のデータが追加されるといわれているバイオ
インフォマティックスデータベースですが、EsTerra BIO Informatics Wareでは、
数ギガバイトのXMLドキュメントの挿入にも高速な処理を実現しております。
これまでバイオインフォマティックスでの大きな障壁であった、データ量の問題
を一気に解決致しました。
■BLASTとのシームレスな連携
バイオインフォマティックスでは、一般的なテキスト検索もよく利用されますが、
相同性検索という特殊な検索も頻繁に利用されます。相同性検索は、バイオイン
フォマティックスでは、欠かせない処理です。
EsTerra BIO Informatics Wareでは、相同性検索において世界中で最も利用され
ているBLASTとのシームレスな連携も実現しています。BLASTへのリクエストとそ
の結果を一元的に管理し、解析データとの連携処理が、一元的に行うことができ
ます。
このことで、ポストゲノムシーケンスにおける、様々な取り組みの加速に貢献す
ることは間違いありません。
【ポストゲノムシーケンス時代の基盤に】
ミレニアムプロジェクトにおけるゲノム・プロジェクトのテーマでは、「高齢化
社会に対応し個人の特徴に応じた革新的医療の実現」「豊かで健康な食生活と安
心して暮らせる生活環境の実現」が謳われています。この様に、ポストゲノムシー
ケンスにおけるバイオインフォマティックスでは、医療、健康、安全、安心といっ
た国民の健康を維持する分野から、環境に優しい社会を実現するための基盤技術
としての使命が求められています。
株式会社メディアフュージョンでは、EsTerra BIO Informatics Wareを通じて、
ポストゲノムシーケンス時代の取り組みを加速し、より豊かな生活創造に貢献し
て参ります。
・「EsTerr XML Storage Server」
EsTerra XML Storage Serverとは、XMLにネイティブ対応したストレージサーバー
です。Well-Formed XMLに完全対応し、スキーマが設定がされていなくても、XML
のエレメント単位で、トランザクションを含んだDBMSとしての堅牢なデータ管理
が行われ、エレメント単位の検索や正規表現による高度な検索を高速に行うこと
ができます。
さらに、XMLに限らず、あらゆるバイナリデータをXMLデータと一元的に保存、管
理することが可能で、RDBなどの他のDBとも密接に連携して一つの巨大なデータ
ベースとして扱うことができます。
http://www.mediafusion.co.jp/esterra/storages/xss.html
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